Hidrografía
El Júcar.
Es uno de los principales ríos de la provincia. Nace en la sierra de Tragacete, en el sitio llamado Ojuelos de Valdeminguete, sobre la herrería de los Chorros, entra en el partido de Cañete por Huélamo, vuelve al de Cuenca pasando por Uña y Villalba de la Sierra, llega a Cuenca medianamente caudaloso, y se desliza por términos y localidades como Albaladejito, Colliguilla, Belmontejo, Villaverde y Pasaconsol, Olivares, Valverde, Buenache de Alarcón, Gascas de Alarcón (desaparecida bajo el embalse de Alarcón), Alarcón y El Picazo, entrando en la provincia de Albacete por Villalgordo del Júcar. Son tributarios del Júcar cursos de agua como el Moscas, el Valdemembra, el Tórtola y el Huécar. Este último nace en el Ojo de Megía, término de Palomera, pasa por la de su nombre, cruza desde el Cristo del Amparo la ciudad de Cuenca y sus arrabales, y se une al Júcar al salir de ellos; su caudal es escaso.
Río Cabriel.
El Cabriel tiene su origen en la sierra de Tragacete, atraviesa el partido de Cañete, corre por el término de Villora, fertiliza los términos de Mira, La Pesquera y, ya en la provincia de Valencia, Villargordo del Cabriel, en cuyas inmediaciones lo cruza la autovía del Este; se une al Júcar en el valle de Cofrentes. Entre sus afluentes se encuentran el Mira (u Ojos de Moya) y el Guadazaón.
El Guadiela.
De menor caudal que los anteriores, nace en las fuentes de la Muela de Pinilla, más arriba de la Cueva del Cobre, jurisdicción de la Cueva del Hierro; se engruesa con el riachuelo de Valsalobre y el derrame de las lagunas del Tobar o río Masegar, pasa por los términos y localidades de Beteta, Cañizares, Carrascosa, El Pozuelo, Alcantud, Priego, Arandilla del Arroyo, Albendea, San Pedro Palmiches, Villar del Infantado, Alcocer, Cañaveruelas, La Isabela y Santa María de Poyos(desaparecidas bajo las aguas del embalse de Buendía), y Buendía, y al salir de la provincia se junta al Tajo, quizá con mayor caudal, en el embalse de Bolarque. Entre los afluentes del Guadiela figuran el Cuervo y el Escabas, alimentado este último a su vez por el río Trabaque.
El Záncara.
Tiene su origen en el término de Abia de la Obispalía y se forma de dos fuentes principales: una en el término de Abia y otra en el Villarejo Seco, que se juntan más abajo de Huerta de la Obispalía, y pasan por Zafra de Záncara, el Congosto, Villar de Cañas, Casas de Haro, Carrascosa de Haro, Villar de la Encina, La Alberca de Záncara, Las Pedroñeras y el despoblado de Santiago de la Torre, en el término de El Provencio sale de la provincia a unirse al Guadiana. Se nutre de cursos de agua como el Saona y el Rus.
El Cigüela.
Nace un poco más arriba de la venta de Cabrejas, partido de Cuenca, sobre la carretera de Tarancón a dicha ciudad; pasa por el despoblado de Cabrejas, Villar del Horno, Naharros, Horcajada de la Torre, Torrejoncillo del Rey, Almonacid del Marquesado, y corriendo por los términos de Pozorrubio de Santiago, Horcajo de Santiago y Villamayor de Santiago, partido de Tarancón, entra en la provincia de Toledo por Villanueva de Alcardete, hasta reunirse con el Guadiana.
El río Mayor o de Huete.
Tiene tres fuentes principales: una en Valdecabrillas, otra en Villarejo de la Peñuela y otra en Villar del Saz de Navalón, que se reúnen entre Castillejo del Romeral y Valdecolmenas de Abajo; deja a la derecha a Castillejo del Romeral y a Bonilla, y a la izquierda a Caracenilla y Verdelpino de Huete, pasa cerca de Huete, donde se encuentra con la fuente del Borbotón, prosigue por Moncalvillo, se une al río Guadamejud, y ambos acrecientan al Guadiela cerca de Buendía, en el embalse homónimo.
El Tajo.
Aunque no tiene su origen en la provincia de Cuenca, puesto que nace en Fuente García, en la provincia de Teruel, sirve de límite a la de Cuenca, separándola de la provincia de Guadalajara. Recibe por aquella parte los ríos de Cabrilla, Gallo y Hoceseca, y sigue por entre las provincias de Cuenca y Guadalajara, tocando términos de la segunda como Poveda de la Sierra, Peñalver, Zaorejas, Huertapelayo, Armallones, Valtablado, Carrascosa de Tajo, Chillarón del Rey, Pareja y Sacedón, saliendo de Cuenca cerca de Buendía, en jurisdicción de Almonacid de Zorita. Otros cursos de agua de la provincia son el Calvache, afluente del Tajo; el Ranera, que nace en el pico de este nombre y se junta cerca de Requena al río Magro; y el Riánsares, principal afluente del río Gigüela.
Lagunas
Hay muchas lagunas en el territorio de esta provincia, pero las más notables son la de Uña y la de Montalbo.
La de Uña tiene su origen en una fuente que brota al pie de unos elevados riscos inmediatos, cuyo caudal, después de formarla, vierte en el Júcar. En Tobar hay dos lagunas, una grande y otra pequeña: la mayor tendría de dos a tres kilómetros de circunferencia.
Las demás lagunas son las siguientes: la de Montalbo, que es de mucha, extensión y de poca profundidad, y suele secarse en los veranos; la laguna de Manjavacas en Mota del Cuervo; las de Fuentes, Ballesteros,Alcantud y El Hito; las de Las Zomas, la Laguna, Cañete, Cañada del Hoyo, Reillo y la laguna de El Taray, entre Las Pedroñeras y Las Mesas
Comarcas
Históricas.
Pedro Pruneda dividía a la provincia en 1869, en su Crónica de la provincia de Cuenca, en tres comarcas: la Sierra, la Alcarria y la Mancha, cuyos límites exactos no era fácil determinar.
Contemporáneas.
La Diputación Provincial de Cuenca divide la provincia en cinco grandes comarcas: La Alcarria conquense, La Mancha de Cuenca, la Manchuela conquense, la Serranía Alta y la Serranía Media-Campichuelo y Serranía Baja. Las cinco comarcas conquenses son muy dispares en paisaje y demografía, en cambio tienen una cultura y una gastronomía bastante comunes. Se pueden diferenciar por su paisaje en dos grupos; las de la serranía (Serranía Alta y Serranía Media-Campichuelo y Serranía Baja), las mesetarias (La Mancha de Cuenca y la Manchuela conquense) y La Alcarria que tiene un paisaje de transición entre ambas.
Demográficamente también se pueden agrupar de la misma manera, ya que los municipios de la serranía y los alcarreños son municipios pequeños que sufren una gran crisis demográfica con una fuerte despoblación, mientras que los municipios manchegos son municipios medios y grandes con un dinamismo demográfico mayor.